i2b2 Japan

何が足りていないのか#

病院には膨大な診療データがありますが、研究者がそれを使って調べものをするには、そのための仕組みが要ります。研究を組み立てる前に「条件に合う患者が何人いるのか」を数えられる、という程度のことでも仕組みが必要です。

i2b2↗ は、この用途では事実上の標準になっているオープンソースのシステムです。米国で開発され、世界中の研究病院で使われていて、しかも無償で導入できます。それでも日本ではあまり広がっていません。理由はソフトウェアそのものとは関係のない2つです。ドキュメントが英語しかないこと、そして日本の病院が実際に動かしているシステムとどう繋ぐのかが、どこにも書かれていないことです。

なぜこれをやるのか#

ソフトウェア自体は無償で、すでに世界中の研究病院で動いています。日本の病院がそれを使えるかどうかを分けているのは、もっと小さなことです。母語でスキーマを読めるか、そしてサーバーを起動できるか。実際には、そこで止まっています。

実際に動かすためのリポジトリ#

i2b2 をより導入しやすくするために、i2b2-jp-docker↗ というリポジトリも用意しました。

i2b2 が公式に公開している Docker イメージを土台に、国内で運用する前提で手を入れたものです。クローンして docker compose up を実行すれば、ブラウザからログインできるところまで i2b2 サーバーが立ち上がります。

サイトの実装ガイドも、このリポジトリを使う手順に沿って書いてあります。

扱っている内容#

i2b2 Japan は、国内の施設で i2b2 の導入を検討している人、あるいは実際に構築する人に向けた、日本語のドキュメントサイトです。

アーキテクチャ

Cell と Hive の構成と、それぞれの役割。

データリポジトリ (CRC)

スタースキーマをテーブル単位で。観測ファクト、ディメンション、マッピングの各テーブル。

オントロジー

検索の条件に使う語彙を Ontology Cell がどう組み立てているか。

アクセス制御

ユーザーロールと、各権限で何が見えるか。

実装

Docker でのサーバー構築と、つまずきやすい箇所。

このほかに、テーブルの一覧と、i2b2 に関する参考リンク集を置いています。

ドキュメントを見る↗。